Un mutuo può essere sostituito nel caso in cui si contragga un nuovo mutuo estinguendo quello precedente quindi con la sostituzione di una banca con un'altra. Questa soluzione è abbastanza costosa perché implica le spese del notaio (per il nuovo atto di mutuo, la cancellazione della vecchia ipoteca e l’iscrizione della nuova), l’imposta sostitutiva, le spese di perizia e istruttoria e, per i mutui stipulati prima del 2 febbraio 2007 anche la penale per l’estinzione anticipata.

Nel caso della sostituzione, contrariamente alla surrogazione, si può aumentare la somma finanziata. Si deve tuttavia tener conto che si perderanno i benefici fiscali per la parte eccedente il capitale residuo del mutuo precedente.